Die Anfänge der Kirche Blankenstein reichen in das 12./13. Jhd. zurück, die Zeit, in der die Gegend besiedelt und der Ort gegründet wurde. Der Platz, auf dem Kirche und Friedhof liegen, wird "Schlossberg" genannt - dort hat ein befestigtes Haus eines Ritters gestanden, dessen letzte Reste zum Neubau der Kirche im 18. Jhd. verwendet wurden. Aus der alten Zeit hat sich mitten in der Mauer der Südseite ein kleines romanisches Fenster erhalten, dessen Aussehen dem Ostfenster der Wilsdruffer Jakobikirche ähnelt. Es wurde in den 1990er Jahren bei Innenrenovierungen entdeckt.
In gotischer Zeit verändert sich die Gestalt der Kirche; sie hat in etwa die Größe des heutigen Baus, wahrscheinlich wie alle Kirchen im Umkreis nur einen Dachreiter. An der Ostseite befindet sich noch ein heute zugesetztes gotisches Fenster, im Unterbereich wurde bei Innenrenovierungen die zugemauerte Sakramentsnische entdeckt und wieder freigelegt.
Den größten und bis heute prägenden Umbau erfuhr die Kirche im Jahr 1738. In nur einem halben Jahr(!) Bauzeit - der Abbruch erfolgte am 10. April (am 8. April war noch ein Abschiedsgottesdienst gehalten worden), die Süd- und Nordseite wurde bis auf eine Höhe von etwa 2m heruntergebrochen - entstand der heutige Bau mit Turm. Ende Juli 1738 waren Kirchmauern und Turm hochgezogen ( - der Turm auf der Ostseite über dem Altarraum hat kein eigenes Fundament, sondern wird durch eine starke Balkenkonstruktion über die Seitenmauern getragen) und es wurde Richtfest gefeiert. Am 7. Oktober wurden die Glocken in den Turm gezogen und der Bau so weit vollendet, dass die Gemeinde im Advent 1738 wieder Gottesdienst feiern konnte. Der Innenausbau benötigte dann noch einige Jahre: am Ende war ein barocker Raum entstanden mit hellblau-rosa-marmorierter Doppelempore, Kanzelaltar mit Gloriole, eingerahmt von Betstuben und darüber eine Orgel, eine buntbemalte Kassettendecke mit Szenen aus den Evangelien und einem prächtigen barocken Taufstein mit großem Deckel.
Heute sehen wir die Kirche wieder anders: Im Jahr 1879 erfolgte eine große Umgestaltung des Kircheninneren. Eine neue Orgel wurde eingebaut (Fa. Nagel, Großenhain), diesmal auf der Westseite, wofür die Errichtung einer Bälgekammer notwendig wurde, die im Untergeschoss zur Eingangshalle für die Kirche wurde. Der Dresdner Architekt Christian Friedrich Arnold, dessen Leitmotiv die klare Einfachheit der Gotik war, hatte die künstlerische Leitung. Er beließ die Kassettendecke; der Altar mit dahinterliegender Kanzelwand wurde gänzlich neu errichtet, die Betstuben abgerissen. Der Rest erhielt einen Anstrich in Holzimitationsmalerei incl. des Taufsteins; den Deckel sparte man dabei aus.
1955 wurde in der Eingangshalle ein Ehrenmal zur Erinnerung an die Gefallenen des 2. Weltkrieges errichtet. Dabei wurde das Eingangsportal der Helbigsdorfer Seite zugesetzt (das Dorf Helbigsdorf war nach Blankenstein eingepfarrt; die Südseite des Friedhofs ist bis heute der Begräbnisplatz der Helbigsdorfer).
1963 wurde die 2. Empore aus der Kirche entfernt. Der Raum erhielt mehr Licht; allerdings wurde der barocke Raumeindruck nachhaltig beeinträchtigt.
2022/23 wurde der Taufstein samt Deckel aufwendig restauriert. Er erstrahlt jetzt wieder in seiner ursprünglichen Farbigkeit.
Im Turm hängen heute drei Bronzeglocken von 1967.